微生物完成圖測序分析

領(lǐng)域分類：食品-嬰幼兒配方食品-其他

檢測項(xiàng)目：分子生物學(xué)

一、微生物基因組完成圖測序陸續(xù)進(jìn)入食品、飼料等相關(guān)法規(guī)與指南要求

2021年12月，國際乳品聯(lián)合會發(fā)布《IDF公報(bào)No.513/2021 益生菌菌株水平鑒定指導(dǎo)文件》，其中指出“對于多數(shù)益生菌，需要結(jié)合短讀長與長讀長兩種測序技術(shù)獲取具有良好覆蓋度、較少contig數(shù)量的基因組，以適于開展下游的安全性評價等生物信息學(xué)分析（如是否存在與抗生素耐藥性、毒力或致病性相關(guān)的基因）。”

2021年11月，農(nóng)業(yè)農(nóng)村部發(fā)布實(shí)施《直接飼喂微生物和發(fā)酵制品生產(chǎn)菌株鑒定及其安全性評價指南》，規(guī)定“采用二代和三代測序技術(shù)對直接飼喂微生物和發(fā)酵制品生產(chǎn)菌株進(jìn)行全基因組測序，獲得其基因組完成圖”，進(jìn)行菌株鑒定及安全性評價。

2021年2月，食品安全國家標(biāo)準(zhǔn)審評委員會發(fā)布《食品安全國家標(biāo)準(zhǔn)食品用菌種安全性評價程序（征求意見稿）》，規(guī)定“對擬評價的菌株進(jìn)行下一代（next generation sequencing）和第三代（third generation sequence）全基因組測序，分別獲得其基因組框架圖和完成圖”來進(jìn)行菌株安全性評價。

2020年10月，國家市場監(jiān)管總局發(fā)布實(shí)施《保健食品原料用菌種安全性檢驗(yàn)與評價技術(shù)指導(dǎo)原則（2020 年版）》，規(guī)定“對擬評價菌株進(jìn)行全基因組測序，分別獲得其基因組完成圖和框架圖” ，展開驗(yàn)證與評價。

越來越多的法規(guī)與指南要求開展基因組完成圖測序分析：

原因：基因組完成圖為一條完整的基因組序列，可覆蓋生物體完整的基因組區(qū)域，所包含的遺傳信息更全面更準(zhǔn)確，相比框架圖、精細(xì)圖不存在gap，沒有基因序列的缺失，避免了因缺少部分基因序列引起的菌種鑒定、溯源分型結(jié)果的潛在偏差；同時由于不存在任何基因的遺漏，在開展菌種安全性評價（如耐藥基因與毒力基因檢測）和功能基因挖掘等分析時，結(jié)果更可靠。

二、全基因組完成圖測序技術(shù)：序列完整性更高、遺傳信息更全面

l兼顧二代和三代測序技術(shù)堿基準(zhǔn)確性高、測序讀長長的優(yōu)勢，可一次性獲得完整、準(zhǔn)確的細(xì)菌基因組圖譜，同時獲得質(zhì)?；蚪M信息。

l與框架圖相比，基于基因組完成圖序列所開展的分析避免了由于部分基因序列缺失所引起的菌種鑒定與分型結(jié)果不準(zhǔn)確、序列比對時遺漏部分關(guān)鍵基因的潛在風(fēng)險(xiǎn)，在菌種準(zhǔn)確鑒定、分型溯源、基因安全性評價及功能基因挖掘等研究中結(jié)果準(zhǔn)確性更高。

截止2022年9月，公共數(shù)據(jù)庫中已測序的細(xì)菌全基因組近44萬個，其中完成圖基因組31346個，約占7.18%。大腸桿菌（Escherichia coli）、乳桿菌（Lactobacillus?sp.）、雙歧桿菌（Bifidobacterium sp.）、芽胞桿菌（Bacillus?sp.）、腸球菌（Enterococcus sp.）等常見工業(yè)用微生物菌種已開展基因組完成圖測序，為工業(yè)用微生物菌種鑒定溯源與特征評價研究提供了豐富的數(shù)據(jù)資源。

中國工業(yè)微生物菌種保藏管理中心（CICC）作為國內(nèi)*大規(guī)模的微生物菌種保藏管理、鑒定評價和進(jìn)口的機(jī)構(gòu)，長期從事微生物菌種鑒定與評價工作。CICC建立了較完善的微生物完成圖測序分析技術(shù)平臺，運(yùn)行穩(wěn)定，周期短。目前已面向廣大食品、飼料、藥品、化妝品等工業(yè)企業(yè)、檢測機(jī)構(gòu)、高校及科研單位提供基于二代和三代測序技術(shù)的微生物完成圖測序、菌種鑒定、分型溯源、耐藥性與毒力基因分析、功能基因挖掘等服務(wù)。

百檢檢測除了提供微生物完成圖測序分析 服務(wù)外，還提供配方還原，配方分析，成分分析，未知物分析，金屬元素檢測，工業(yè)問題診斷，食品檢測，藥品檢測，氣體檢測，水質(zhì)檢測等一系列分析檢測服務(wù)。